W swojej opinii, Komitet Doradczy (ciało doradcze złożone z niezależnych ekspertów, które ocenia Raporty Krajowe przedstawiane przez państwa strony Konwencji) zwrócił uwagę na kilka istotnych problemów na Litwie takich jak brak wyczerpujących struktur legislacyjnych dotyczących ochrony mniejszości narodowych. Co prawda od 1989 do 2009 r. litewskie prawo mniejszości narodowych uwzględniało specjalne prawa przysługujące osobom należącym do mniejszości narodowych w zakresie edukacji, kultury oraz używania języków mniejszości narodowych w życiu publicznym, prawo to jednak prawo to wygasło w styczniu 2010 roku i nigdy nie zostało odnowione, pozostawiając osoby należące do mniejszości bez specjalnej ochrony prawnej. Komitet wyraził ubolewanie, że próby wprowadzenia nowego prawa nie powiodły się, z uwagi na wysoki stopień upolitycznienia używania języków mniejszości narodowych. Co więcej, mylna interpretacja Konwencji przez Litewską Państwową Komisję Językową skutkowała nieprzychylną opinią dotyczącą projektu ustawy o mniejszościach narodowych przedstawionej Sejmowi do konsultacji międzyinstytucjonalnych w październiku 2013 r. Komitet zalecił też władzom litewskim stworzenie spójnych ram prawnych służących ochronie praw mniejszości narodowych.
Komitet Doradczy wezwał również Litwę do podjęcia natychmiastowych działań w sferze edukacji. Zdaniem Komitetu, władze Litwy powinny upewnić się, że szkoły, w których język mniejszości jest językiem wykładowym, są należycie przygotowane do wdrożenia ostatniej reformy edukacyjnej. Komitet podkreślił, że niedawna reforma, która ujednoliciła egzamin z języka litewskiego i wycofała egzamin z języków mniejszości narodowych z listy egzaminów obowiązkowych, postawiła absolwentów szkół mniejszości narodowych w niekorzystnej sytuacji, a to jest niezgodne z Konwencją ramową. Komitet wskazał także, iż alternatywne nauczanie (takie jak dodatkowe zajęcia, czy szkoły weekendowe) powinny jedynie uzupełniać, a nie zastępować nauczanie języków mniejszości narodowych w publicznym systemie edukacji. Co więcej, alternatywne nauczanie (uważane na Litwie za właściwą drogę nauczania o/w językach mniejszości narodowych) wymaga większego wsparcia finansowego. Według Komitetu Litwa powinna podjąć starania, aby wyposażyć szkoły w wystarczającą ilość podręczników (które we właściwy sposób przedstawiałyby mniejszości narodowe i ich rolę w tworzeniu historii państwa) oraz zapewnić odpowiednie szkolenia nauczycielom przedmiotów matematyczno-przyrodniczych. (Uniwersytet Nauk o Edukacji oferuje szkolenia w językach mniejszości narodowych jedynie w zakresie nauk filologicznych).
W związku z bieżącą sytuacją w sferze ochrony przed dyskryminacją, Komitet Doradczy odnotował, że Rzecznik do spraw równego traktowania ciągle otrzymuje zgłoszenia o przypadkach naruszeń (lecz tylko 10-15 spraw dotyczyło rasy, tożsamości etnicznej i języka). Komitet tłumaczy niewielką liczbę skarg brakiem odpowiedniej wiedzy lub zaufania do roli tej instytucji. Dlatego też Komitet w opinii zwrócił się do władz litewskich o weryfikację tych danych.
Jeśli chodzi zaś o promocję kultur i języków mniejszości narodowych, Komitet Doradczy wyraził zaniepokojenie zmniejszającym się zainteresowaniem dla spraw mniejszości. Zgodnie z ostatnim Raportem Krajowym, departament ds. mniejszości narodowych i Litwinów mieszkających poza granicami kraju (wyspecjalizowany organ doradczy rządu odpowiedzialny za przygotowywanie projektów przepisów dot. mniejszości narodowych i przyczyniający się do wdrażania odpowiednich zasad) został zlikwidowany, a jego kompetencje przejęło ministerstwo kultury. Zmiana ta wywołała oburzenie wśród przedstawicieli mniejszości narodowych, którzy uważają, że departament lepiej reprezentował ich interesy niż ministerstwo kultury, które większy nacisk kładzie na kwestie kultury (i promocji języka urzędowego) niż na poszczególne kultury mniejszości narodowych i problemy ich dotyczące.
Komitet Doradczy krytycznie wyraził się także na temat ograniczonej dostępności mniejszości narodowych do mediów, podkreślając brak widocznej poprawy od ostatniego okresu obserwacji. Czas przeznaczony na programy skierowane do mniejszości narodowych został wręcz skrócony, a same programy emitowane w najmniej sprzyjającym czasie antenowym. Poza tym, niektóre media przedstawiają mniejszości narodowe w niekorzystny sposób. Według Komitetu, dziennikarze powinni wziąć udział w szkoleniach, które podniosłyby społeczną świadomość co do konieczności rozwijania tolerancji, szacunku i wzajemnego zrozumienia w społeczeństwie.
Co więcej, według Komitetu brakuje odpowiedniej równowagi pomiędzy międzynarodowymi zobowiązaniami Litwy do promowania języków mniejszości narodowych z jednej strony, a jej dążeniem do promocji języka oficjalnego urzędowego z drugiej. Prawo dotyczące języka urzędowego nakłada na organy administracyjne obowiązek używania wyłącznie języka litewskiego i zezwala na używanie języków mniejszości narodowych jedynie podczas „rozmów nieoficjalnych” na terenach zamieszkanych przez społeczności mniejszości narodowych (chociaż w przeszłości istniała możliwość korzystania z języków mniejszości narodowych w życiu publicznym obok języka urzędowego).
Komitet ponaglił Litwę do zajęcia się tą sprawą, gdyż jest ona niezgodna z artykułem 10 Konwencji.
To same przepisy przewidują, że nazwy ulic oraz inne znaki mogą być zapisane jedynie w języku urzędowym. Naczelny Sąd Administracyjny regularnie karał władze lokalne, które nie usunęły dwujęzycznych tablic z nazwami ulic. W opinii Komitetu poprzez zakazanie użycia dwujęzycznych tablic Litwa „nie tylko naruszyła swoje międzynarodowe zobowiązania, ale także lekceważy symboliczne znaczenie , jaką dla integracji taka dwujęzyczność stwarza”. Co więcej, takie działania sprawiają, że osoby należące do mniejszości narodowych mogą czuć się niechciane w litewskim społeczeństwie. Komitet skrytykował także decyzję Naczelnego Sądu Administracyjnego z 8 lipca, 2011 r., w której uznano Konwencję za „dokument o charakterze politycznym, a nie akt prawny“, który nie ma mocy wiążącej. Komitet przypominał władzom Litwy, iż w Konwencji zawarte są zobowiązania prawne i wezwał Litwę do zastosowania się do artykułu 11.2 Konwencji.
Komitet Doradczy wyraził także zaniepokojenie faktem, że istniejące przepisy prawne dot. mniejszości pozostają ze sobą w sprzeczności, co czyni wprowadzenie zasad Konwencji niemożliwym do wykonania. Zdaniem Komitetu do najbardziej rzucających się w oczy problemów należy zaliczyć stosowanie przepisów regulujących używanie języków mniejszości narodowych oraz języka urzędowego. Prawo dot. języka urzędowego określa, że dokumenty urzędowe stanowią łącznik pomiędzy okazicielami dokumentu a państwem. Imiona i nazwiska osób należących do mniejszości narodowych muszą być zatem zapisane z użyciem litewskiego alfabetu. Komitet Doradczy już w czasie poprzedniego okresu obserwacyjnego zauważył, iż kwestia pisowni imion i nazwisk osób należących do mniejszości narodowych znajduje się w zakresie Konwencji oraz wezwał Litwę do zastosowania się do artykułu 11 Konwencji.
Zgodnie z artykułem 15 Konwencji Komitet Doradczy wezwał Litwę do zwiększenia zaangażowania mniejszości narodowych w życie publiczne i procesy decyzyjne, które ich dotyczą. W Trzeciej opinii Komitet wyraził ponadto ubolewanie z powodu zlikwidowania stanowiska doradcy premiera do spraw mniejszości narodowych (rządowy zespół doradczy do spraw mniejszości narodowych). Co więcej, zadania departamentu ds. mniejszości narodowych oraz Litwinów mieszkających poza granicami kraju zostały przekazane do ministerstwa kultury. Komitet Doradczy przypominał także, że kwestie związane z mniejszościami narodowymi nie ograniczają się jedynie do kultury. Władze powinny także wziąć pod uwagę problemy związane z oświatą, językiem oraz sprawami społecznymi. Poza tym, Komitet Doradczy przekonywał, że pięcioprocentowy próg wyborczy jest zbyt wysoki dla partii mniejszości narodowych biorących udział w kampaniach wyborczych, zwłaszcza w związku z zakazem używania języków mniejszości narodowych w radiu i telewizji podczas kampanii.
Europejska Fundacja Praw Człowieka pragnie podkreślić, że wyniki jej obserwacji zostały pięciokrotnie zacytowane w Trzeciej opinii Komitetu Doradczego jako punkt odniesienia. Wierzymy, że jest to potwierdzeniem profesjonalizmu i wiarygodności Fundacji, który został zauważony przez główne organizacje międzynarodowe, takie jak Rada Europy. Trzecia opinia Komitetu Doradczego zwraca uwagę na problemy, które zostały zauważone również przez Fundację i przedstawione w Raporcie alternatywnym organizacji pozarządowych w sprawie implementacji Konwencji ramowej o ochronie mniejszości narodowych na Litwie, mianowicie: brak wyczerpujących struktur legislacyjnych dotyczących ochrony mniejszości narodowych, niejasności dotyczące użycia języków mniejszości narodowych w dokumentach osobistych, komunikacji z władzami i informacjach topograficznych; potrzeba wsparcia w dziedzinie oświaty i kultury oraz zachęty do udziału w życiu publicznym. EFHR ma nadzieję, że Trzecia opinia Komitetu Doradczego oceniająca dokonania Litwy w dziedzinie ochrony praw człowieka posłuży władzom Litwy za przewodnik ku lepszemu przestrzeganiu zasad Konwencji o ochronie mniejszości narodowych