Rodzice zaskarżyli w sądzie decyzję rady z lipca 2015 roku, na mocy której postanowiono przekształcić Szkołę Średnią im. Joachima Lelewela w Wilnie w Szkołę im. Joachima Lelewela w Wilnie w drodze likwidacji filii szkoły znajdującej się przy ul. Minties 3. Na mocy tej uchwały szkoła miała przenieść się z Antokola do budynku przy ul. Minties. Dyrektor szkoły został zobowiązany do przekazania samorządowi budynku znajdującego się przy ul. Antakalnio 33 i poinformowania w ciągu miesiąca każdego ucznia o reorganizacji szkoły, zmianie siedziby oraz nazwy szkoły. Dyrektor miał także zapewnić nieprzerwalność procesu nauczania.
Wszystkie te punkty zostały zlikwidowane decyzją Najwyższego Sądu Administracyjnego.
W najbliższą środę podczas posiedzenia Rady Miasta Wilna miano głosować nad przekształceniem Szkoły im. Lelewela ze szkoły średniej w gimnazjum. Tym samym ma zostać zmieniona nazwa placówki i zarejestrowana nowa placówka budżetowa.
Szkoła rozpoczęła pracę w wyremontowanym budynku w Żyrmunach (gdzie do tej pory działała filia tej szkoły . Antoniego Wiwulskiego) miesiąc później niż zapowiadał samorząd, w październiku 2016 roku. Samorząd zainwestował w remont 2,3 mln euro. Część społeczności szkolnej przekonywała, że nie zamierza pogodzić się z zaistniałą sytuacją i będzie dążyła do powrotu do budynku na Antokolu. Z kolei przedstawiciele władz miasta utrzymują, że decyzja samorządu jest nieodwracalna.
W 2016 roku w budynku szkoły na Antokolu uczyło się 328 uczniów Szkoły Średniej im. Joachima Lelewela (szkoła może pomieścić 800 osób). Przy ulicy Minties (w Filii im. Antoniego Wiwulskiego) uczyło się 127 uczniów, podczas gdy budynek jest zaprojektowany na 452.
Tymczasem litewskie Progimnazjum na Antokolu częściowo dzieliło budynek z Gimnazjum na Antokolu, którego budynek jest rozliczony na 800 uczniów, a częściowo ze szkołą Lelewela. Zdaniem przedstawicieli społeczności Progimnazjum na Antokolu sytuacja była dowodem na to, że „wszyscy są równi, ale jedni są równiejsi od innych”.
Zdaniem niektórych przedstawicieli społeczności Szkoły im. Joachima Lelewela, decyzja samorządu była świadomym likwidowaniem polskiej oświaty na Antokolu. „Decyzja władz miasta, koalicji liberalno-konserwatywnej, w sprawie wyrzucenia Szkoły im. J. Lelewela z Antokola do Żyrmun jest decyzją skandaliczną i sprzeczną z jednym z podstawowych założeń reformy szkolnictwa, jaką jest optymalizacja rozmieszczenia szkół. Działania te są bezprawne oraz skandaliczne w stosunku do społeczności polskiej i rosyjskiej zamieszkującej ogromną dzielnicę Wilna, jaką jest Antokol” – napisano w październiku w oświadczeniu, które podpisały: Krystyna Adamowicz, Stowarzyszenie absolwentów ,,Zawsze wierni Piątce”, Renata Cytacka, Starosta frakcji AWPL-ZChR w Samorządzie m. Wilna, Danuta Narbut, Prezes Wileńskiego Forum Rodziców Polskich, Beata Bartoszewicz, Przewodnicząca Komitetu Obrony Szkoły.
Na razie nie wiadomo, jak decyzja sądu wpłynie na postanowienia rady miasta.
