Miyake urodził się w Hiroszimie w 1938 roku. W wieku 7 lat na jego miasto spadła bomba atomowa. „Kiedy zamykam oczy, wciąż widzę rzeczy, których nikt nigdy nie powinien doświadczyć” – napisał w 2009 r. na łamach dziennika „New York Times”. oinformował również, że jego matka zmarła trzy lata po ataku radiacyjnym. Dodał on, że woli myśleć o rzeczach, „które mogą zostać stworzone, a nie zniszczone oraz, które przynoszą piękno i radość”.
W młodości Miyake marzył o zostaniu tancerzem lub sportowcem. Zainteresował się modą po przeczytaniu magazynu o modzie swojej siostry.
Studiował projektowanie graficzne na Tokijskim Uniwersytecie Sztuki, natomiast projektowanie odzieży studiował w Paryżu, gdzie pracował jako asystent znanych projektantów mody Guya Laroche i Huberta de Givenchy. Później przeniósł się do Nowego Jorku, skąd w 1970 r. wrócił do Tokio i założył Miyake Design Studio. Rok później, w 1971 r. po raz pierwszy zaprezentował swoją kolekcję na pokazie w Nowym Jorku.
Pod koniec lat 80. Issey Miyake zinterpretował ideę plisowanego ubioru w swój oryginalny sposób, tworząc paradoksalną i pozornie sprzeczną kombinację. Zainspirowało go do tego spotkanie z choreografem Williamem Forsythem i z zespołem baletowym we Frankfurcie. Forsythe przekonał Miyake do stworzenia kostiumu do baletu „Utrata drobnych szczegółów”. Miyake rozpoczął eksperymentować z tkaninami, tworząc kostiumy, które pozwalały tancerzom swobodnie się poruszać. W wyniku tych wysiłków powstał materiał Pleats Please. Stał się odzieżą na co dzień, ponadczasowym i oryginalnym.
Był również zaangażowany w tworzenie perfum, których największą sławę przyniosła mu kolekcja L’Eau d’Issey, sprzedawana od 30 lat.
W 1997 r. projektant przeszedł na emeryturę. Otrzymał wiele nagród, m.in. w 2010 r. otrzymał Order Kultury Japonii za wybitne osiągnięcia na polu działalności kulturalnej i artystycznej w Japonii.
