W okresie istnienia Związku Sowieckiego poszukiwania masowych grobów Polaków pomordowanych w czasie rzezi wołyńskiej nie były możliwe. Władze komunistyczne po obu stronach granicy dążyły do wymazania obecności Polaków na ziemiach dawnej Rzeczypospolitej. Zarazem w ZSRS wykorzystywano mordy popełniane przez nacjonalistów ukraińskich do potępienia idei niepodległej Ukrainy i pogłębienia sowietyzacji tego kraju. W miejscach zbrodni popełnianych na Polakach wznoszono pomniki z czerwoną gwiazdą, których tablice najczęściej nie informowały o narodowości pomordowanych. „Tu 23 sierpnia 1943 roku krwawymi rękami ukraińskich burżuazyjnych nacjonalistów zakatowano 139 mieszkańców wsi Majdan” – głosiła tablica na głazie pamiątkowym ustawionym w miejscu masakry ok. 140 Polaków. W latach pięćdziesiątych i sześćdziesiątych władze sowieckie dokonały kilku ekshumacji. Ciała ofiar przenoszono do zbiorowych mogił na dawnych cmentarzach katolickich lub nekropoliach prawosławnych. Po odzyskaniu w 1991 r. niepodległości przez Ukrainę część sowieckich upamiętnień została zlikwidowana lub pozbawiona tablic, ale nie zostały one zastąpione nowymi, które wskazywałyby narodowość ofiar.
Upadek ZSRS otwierał możliwości zorganizowania ekshumacji służących godnemu pochówkowi pomordowanych Polaków. Ich pierwszym inicjatorem były środowiska kresowe. Już w 1992 r. Towarzystwo Przyjaciół Krzemieńca i Ziemi Wołyńsko-Podolskiej w Lublinie uzyskało zgodę na zorganizowanie ekshumacji zbiorowej mogiły w Woli Ostrowieckiej na Wołyniu. Zbrodnia dokonana w tym miejscu była jedną z najlepiej udokumentowanych. Nie było więc wątpliwości co do miejsc ukrycia ciał ofiar.
Latem 1992 r. wydobyto szczątki odnalezione w dwóch dołach śmierci. Ich uroczysty pogrzeb z udziałem władz polskich i ukraińskich odbył się 30 sierpnia 1992 r. na dawnym parafialnym cmentarzu rzymskokatolickim w Ostrówkach. Jednym z inicjatorów ekshumacji i upamiętnienia poległych był historyk dr Leon Popek, badacz zbrodni wołyńskiej, którego rodzina wywodziła się z Ostrówka. Uroczystość zorganizowana w 1992 r. była pierwszym tego rodzaju wydarzeniem w odrodzonej Ukrainie. Na Wołyń dotarły setki krewnych ofiar oraz weterani 27. Wołyńskiej Dywizji Piechoty AK.
W kolejnych latach działania polskich polityków i historyków zmierzające do upamiętnienia pomordowanych napotykały sprzeciw lokalnych i centralnych władz ukraińskich. Symbolem konfliktu pamięci stały się wypowiedzi polskich i ukraińskich polityków podczas odbywającego się w sierpniu 1997 r. forum „Jesteśmy sobie potrzebni” w Tarnowie. „Nie można przyszłości budować bez świadomości tego, co było. Tylko prawda o przeszłości pozwala budować dobrą politykę. Ta prawda o przeszłości nie jest łatwa” – podkreślił wtedy Bronisław Geremek, wówczas przewodniczący Sejmowej Komisji Spraw Zagranicznych. Jako najtrudniejsze tematy we wzajemnych stosunkach wymienił rzeź wołyńską oraz akcję „Wisła”. Jego opinii sprzeciwił się Wiaczesław Czornowił, przewodniczący Narodowego Ruchu Ukrainy, największej partii opozycji parlamentarnej. „Nie zgadzamy się na utożsamianie oceny operacji +Wisła+ i wielkiego dramatu na Wołyniu. Akcja +Wisła+ była operacją państwową Polski przeciw własnym obywatelom i dlatego trzeba ten problem ostatecznie rozstrzygnąć na szczeblu państwowym” – mówił ukraiński polityk. Wydarzenia z lat 1943-1945 określił jako „walki etniczne nad Sanem, na Wołyniu, Podlasiu i Łemkowszczyźnie”. Stanowisko Czornowiła w następnych latach dominowało wśród ukraińskich polityków, determinując nie tylko dialog w sprawie zbrodni na Polakach, ale również m.in. sprawę renowacji Cmentarza Orląt we Lwowie i poszukiwania mogił żołnierzy wojen z Sowietami w 1920 i 1939 r.
Jako istotny przełom w sprawie upamiętnienia ofiar zbrodni dokonanej przez ukraińskich nacjonalistów uznano odsłonięcie w 2003 r. przez prezydentów obu krajów – Aleksandra Kwaśniewskiego i Leonida Kuczmę – pomnika upamiętniającego pomordowanych polskich mieszkańców Porycka (obecnie Pawliwk). Był to pierwszy monument, na którego powstanie zgodę wyraziły władze niepodległej Ukrainy. „Poryck będzie pierwszym miejscem, o którym będzie można powiedzieć, że zostało upamiętnione we właściwy sposób, w kilkudziesięciu innych miejscowościach stoją proste krzyże” – powiedział ówczesny sekretarz Rady Ochrony Pamięci Walk i Męczeństwa Andrzej Przewoźnik.
Latem 2011 r. powrócono do prac ekshumacyjnych w Ostrówce i Woli Ostrowieckiej. Polscy i ukraińscy archeolodzy, wspierani przez wolontariuszy z Ochotniczego Hufca Pracy, byłych mieszkańców i ich rodziny, dokonali ekshumacji szczątków ok. 320 Polaków zamordowanych i zakopanych w pięciu mogiłach. Uroczysty pogrzeb ponownie odbył się na cmentarzu w Ostrówkach 30 sierpnia 2011 r. W uroczystościach wzięli udział przedstawiciele kilku kościołów, m.in. Ukraińskiego Kościoła Prawosławnego Patriarchatu Moskiewskiego, ambasador RP na Ukrainie Henryk Litwin i władze lokalne.
Atmosfera uroczystości nie sprzyjała dialogowi i próbom zażegnania sporów historycznych. Dzień przed upamiętnieniem lokalni politycy nacjonalistycznej partii „Swoboda” domagali się otwarcia trumien ze szczątkami ofiar i podważali wyniki prac archeologów. Na uroczystości mieli przybyć prezydenci Polski i Ukrainy, by oddać hołd pomordowanym, ale do wizyty ostatecznie nie doszło. Pomnik nigdy nie został oficjalnie odsłonięty, a w kwietniu 2012 r. skradziono z niego godło RP. Przedstawiciele wspomnianej partii sprzeciwiali się także odsłonięciu pomnika w Hucie Pieniackiej w 2009 r., ale tam na uroczystość przybyli prezydenci obu krajów – Lech Kaczyński i Wiktor Juszczenko.
We wrześniu 2013 r., za zgodą lokalnych władz, odbyła się ekshumacja 79 Polaków zamordowanych przez UPA 30 sierpnia 1943 r. w Gaju w powiecie kowelskim na Wołyniu. Według szacunków historyków w tej wsi zabito połowę spośród 600 mieszkańców. W październiku 2013 r. na dawnym cmentarzu parafialnym w Sokólu odbyły się uroczystości pogrzebowe z udziałem przedstawicieli władz polskich i ukraińskich oraz duchowieństwa rzymskokatolickiego.
Kolejne prace archeologiczne polsko-ukraińskiej ekipy badawczej przeprowadzono w Ostrówkach i Woli Ostrowieckiej w maju 2015 r. W Ostrówkach odnaleziono jedną mogiłę zbiorową kryjącą szczątki 33 osób (22 mężczyzn, 5 kobiet, 6 dzieci), zaś w Woli Ostrowieckiej – mogiłę kobiety. Uroczysty pochówek odbył się 30 sierpnia 2015 r. W sierpniu tego samego roku, w trakcie kolejnej tury poszukiwań, odnaleziono i ekshumowano szczątki co najmniej 30 ofiar.
Wiosną 2017 r. władze Ukrainy zakazały poszukiwań i ekshumacji szczątków polskich ofiar wojen i konfliktów na terytorium Ukrainy. Zakaz został wydany po zdemontowaniu pomnika UPA w Hruszowicach na Podkarpaciu w kwietniu 2017 r. Przełomu nie przyniosły toczone w październiku tego samego roku polsko-ukraińskie rozmowy na temat możliwości wznowienia poszukiwań, w których wzięli udział minister kultury i dziedzictwa narodowego prof. Piotr Gliński oraz zastępca prezesa Instytutu Pamięci Narodowej prof. Krzysztof Szwagrzyk. Konflikt pogłębił się w 2018 r., gdy Ukraiński Instytut Pamięci Narodowej zarzucił polskim archeologom nieprawidłowe prowadzenie poszukiwań szczątków członków UPA pochowanych na terenie cmentarza w Hruszowicach.
Podczas lubelskich uroczystości w 79. rocznicę zbrodni wołyńskiej w rozmowie z PAP dr Leon Popek zaznaczył, że poszukiwania miejsc ukrycia zwłok Polaków są niezwykle trudne, nie tylko ze względu na niechęć części władz Ukrainy. „Zaledwie 10-20 procent wszystkich prac kończy się odnalezieniem” – dodał. Popek ocenił, że poszukiwanie ofiar i ekshumacje „to jest praca na 100 lat, na wiele pokoleń”. W jego opinii przełomem w relacjach polsko-ukraińskich była agresja Rosji i popełniane przez nią zbrodnie na ludności Ukrainy. „Zaskoczyło nas to, że już w kwietniu, maju, Ukraińcy zaczęli spontanicznie porządkować polskie cmentarze” – zwrócił uwagę. Jako przykłady podał porządkowanie cmentarza obrońców Przebraża i mogił w Ostrówkach. „Takich cmentarzy tylko na Wołyniu uporządkowano ponad dziesięć” – dodał dr Popek.
W listopadzie 2022 r. Fundacja Wolność i Demokracja poinformowała, że 2 listopada uzyskała zgodę władz ukraińskich na rozpoczęcie prac archeologiczno-poszukiwawczych mogiły Polaków zamordowanych przez oddział UPA w lutym 1945 r. w miejscowości Puźniki na Podolu, w dawnym województwie tarnopolskim. W czerwcu 2023 r. rozpoczęły się w tym miejscu prace poszukiwawcze zmierzające do odnalezienia mogiły ok. 82 ofiar, w tym ok. 70 dzieci i kobiet.
Polska opinia publiczna uznała 80. rocznicę ludobójstwa na Wołyniu za szansę na przełom w kluczowej nierozwiązanej sprawie ekshumacji i pochówku pomordowanych oraz na uznanie przez Ukrainę zbrodni na ludności cywilnej. W obchody w lipcu 2023 r. włączyły się kościoły oraz władze z Polski i Ukrainy.
7 lipca w archikatedrze warszawskiej p.w. św. Jana odbyło się polsko-ukraińskie nabożeństwo w 80. rocznicę rzezi wołyńskiej. Przewodniczący KEP abp Stanisław Gądecki i zwierzchnik Ukraińskiego Kościoła Greckokatolickiego abp Światosław Szewczuk podpisali orędzie o przebaczeniu i pojednaniu. „Wierzymy, że w tych trudnych dniach zapisujemy kolejne ważne karty w księdze pojednania tak, abyśmy potrafili ułożyć naszą wspólną przyszłość jak wolni z wolnymi i równi z równymi” – podkreślono. Następnego dnia przewodniczący Konferencji Episkopatu Polski sprawował mszę św. we wsi Parośl na Wołyniu – miejscu pierwszej zbrodni UPA na Polakach, dokonanej w lutym 1943 r. „Pojednanie może być budowane tylko w prawdzie i sprawiedliwości. Szczere uznanie odpowiedzialności każdej ze stron – lub przynajmniej gotowość do jej szukania – jest konieczne do autentycznego pojednania. W pojednaniu nie można ukrywać wzajemnych krzywd” – zaznaczył w homilii abp Gądecki.
Zwieńczeniem wspólnych obchodów była odprawiona 9 lipca msza św. w Katedrze Świętych Apostołów Piotra i Pawła w Łucku, w której wzięli udział prezydenci Polski i Ukrainy, Andrzej Duda i Wołodymyr Zełenski.