Koordynator odbudowy Andrzej Szadejko poinformował podczas niedzielnej uroczystości odsłonięcia organów, że nad renowacją pracowało bezpośrednio 70 osób. W celu odbudowy instrumentu należało wyprodukować 70 elementów na podstawie źródeł i wzorów historycznych.
„Dzięki odbudowie według zasad XVII-wiecznych najpewniej słyszymy te same dźwięki, którymi cieszyli się słuchacze 400 lat temu”. „Obecnie organy są w stanie wydobyć 45 głosów i podzielone są na pięć sekcji organowych. Największa piszczałka ma wysokość 4,5 metra, najmniejsza – zaledwie 5 cm” – powiedział.
Według przekazów organy miał wykonać mistrz Balzer Sturmer z Malborka w 1568 roku. W latach 1616-1618 mistrz Maren Friese miał do nich dobudować kolejny, 37-głosowy instrument, zamknięty w ozdobnej szafie, a w 1703 roku organmistrz Tobias Lehmann całkowicie przebudował instrument, który ostatecznie zmieścił się w aż trzech szafach.
Kolejnych modyfikacji dokonano w 1757 roku, nadając instrumentowi kształt, w jakim dotrwał do roku 1914. Wtedy znowu zmodernizowano instrument, rozszerzając tzw. dyspozycję organów (czyli zakres dźwięków, które można z niego wydobyć). Zmieniono też sposób gry (na pneumatyczny), odnowiono rozkład sekcji, a także układ stołu do gry. Przebudowa zachowała jednak wygląd prospektu.
Organy nie przetrwały II wojny światowej. Zostały wtedy zdemontowane i wywiezione na Żuławy. Jednak już w roku 1945 wróciły do kościoła Świętej Trójcy, ale nie mogły być zrekonstruowane ze względu na ogrom zniszczeń samego instrumentu i świątyni.
Dopiero początek XXI wieku umożliwił zainicjowanie odbudowy organów na podstawie rysunków i zdjęć wykonanych w latach 1943-44. Celem renowacji było odtworzenie wyglądu instrumentu z roku 1914.
Renowację wydatnie wsparło finansowo Ministerstwo Kultury i Dziedzictwa Narodowego oraz miasto Gdańsk kwotą 600 tys. zł. Sporą część wydatków pokryła społeczna zbiórka wśród mieszkańców miasta.
W uroczystości odsłonięcia organów uczestniczyli wojewoda pomorski Dariusz Drelich i prezydent Gdańska Paweł Adamowicz.