Wykładał filozofię w Wyższym Seminarium Duchownym w Krakowie, a potem na Papieskiej Akademii Teologicznej. Prowadził także zajęcia w Państwowej Wyższej Szkole Teatralnej i na Uniwersytecie Jagiellońskim. Na jego wtorkowe wykłady w auli Collegium Witkowskiego UJ (obecnie aula Tischnera) przez lata przychodziły tłumy słuchaczy, dla których największą zaletą było to, że ks. Tischner o trudnych sprawach potrafił mówić w prosty sposób. Choć ks. Tischner zajmował się filozofią, chętniej widział siebie jako duszpasterza.
W latach 70. w kościele św. Marka w Krakowie odprawiał msze św. dla przedszkolaków, które mogły przynosić do kościoła swoje zabawki i rozmawiać z księdzem oraz słynne „trzynastki” (to nazwa od godz. 13, o której Tischner odprawiał mszę) w kościele św. Anny, które gromadziły inteligencję.
W 1975 r. ukazała się jego pierwsza książka „Świat ludzkiej nadziei”. Wojciech Bonowicz w biografii ks. Tischnera przywołał jego słowa: „Nie chce być biskupem, chce być Tischnerem” i przypominał, że kiedy w 1979 r. Tischner otrzymał tytuł prałata, miał powiedzieć: „Poszedłem do kurii zapytać czy można to odsiedzieć i jak długo”, a wiele osób przez lata nie wiedziało nawet, że uzyskał taką godność.
Tischnerowi nie zależało na tytułach naukowych, honorach i odznaczeniach. Kiedy w wyborach na rektora Papieskiej Akademii Teologicznej uzyskał najwięcej głosów, nie przyjął tej funkcji, bo – jak tłumaczył – woli myślenie niż administrację. Był współzałożycielem Instytutu Nauk o Człowieku w Wiedniu, autorem prac poświęconych problemom istnienia człowieka i teorii wartości, a także współtwórcą tzw. filozofii spotkania.
W latach 80. związał się z ruchem Solidarności, w 1981 r. był kapelanem zjazdu Solidarności. 18 października 1980 r. w Katedrze na Wawelu ks. Tischner wygłosił swoje najsłynniejsze kazanie, skierowane do ludzi Solidarności. Powiedział wówczas m.in.: „Solidarność, ta zrodzona z kart i ducha Ewangelii, nie potrzebuje wroga lub przeciwnika, aby się umacniać i rozwijać. Ona się zwraca do wszystkich, a nie przeciw komukolwiek” i „Najgłębsza solidarność jest solidarnością sumień”.
Kazanie to było początkiem „Etyki solidarności”. W czerwcu 1981 r. został kapelanem Związku Podhalan. Lubił oderwać się od miasta i pracy naukowej i odpoczywać w górach. Wakacje spędzał u rodziców w Starym Sączu lub w Łopusznej, miejscu swojego dzieciństwa. W 1975 r. w okolicach Łopusznej stanęła bacówka, do której często przejeżdżał, a pod koniec lat 80. wraz z bratem Marianem właśnie w Łopusznej zdecydował się wybudować dom w stylu góralskim.
W ocenie wielu ks. Tischner był filozofem sięgającym do trudnych, a czasem niepopularnych pytań i starał się pokazywać ludziom czym jest wolność, solidarność i odpowiedzialność. Jak przypomniał Wojciech Bonowicz w biografii „Tischner”, Józef Tischner przez całe lata uchodził w środowiskach kościelnych za postać dość kontrowersyjną – miał tyluż gorących przyjaciół co osób, które odnosiły się do niego z dystansem.
„Stał się postacią, obok której nie można przejść obojętnie” – mówił bp Tadeusz Pieronek, otwierając w rok po jego śmierci konferencję poświęconą myśli filozoficznej Tischnera. „Był on oskarżany o różne rzeczy, ponieważ jego otwarta postawa nie podobała się ludziom ciasnym, którzy uważają, że tylko oni posiadają monopol na prawdę. On nieustannie jej szukał i ją zgłębiał” – podkreślał bp Pieronek.
Jak podkreślał prof. Władysław Stróżewski: „Sensem myśli filozoficznej ks. Tischnera było myślenie według wartości. Temu hasłu był wierny do samego końca. Szukał tych wartości zarówno w samym sobie, w człowieku, jak i w świecie. Dociekał, gdzie jest źródło wartości i odkrył je w dobru”.
Jan Paweł II w telegramie nadesłanym po śmierci Tischnera podkreślił, że był on „człowiekiem Kościoła, zawsze zatroskanym o to, by w obronie prawdy nie stracić z oczu człowieka”. „Filozof i teolog, który był otwarty na człowieka, a równocześnie nigdy nie zapomniał o Bogu. Stworzył duchowe podstawy etyki solidarności, która dziś nadaje kierunek trudnym zmaganiom narodu polskiego o taki kształt demokracji, w której byłaby respektowana godność każdej osoby ludzkiej” – napisał papież.
Ks. Tischner był autorem książek: „Świat ludzkiej nadziei” (1975), „Etyka Solidarności” (1981), „Polski kształt dialogu” (1981), „Myślenie według wartości” (1982), „Zawierzyć człowiekowi” (1991), „Spowiedź rewolucjonisty” (1993), „Nieszczęsny dar wolności” (1993), „W krainie schorowanej wyobraźni” (1997). W 1997 roku napisał „Historię filozofii po góralsku”, która okazała się przebojem rynkowym.
W swojej książce „Myślenie według wartości” Tischner analizuje m.in. filozofię niemieckiego egzystencjalisty Martina Heideggera. „Myślenie nigdy nie może przekroczyć granic pewnego krajobrazu, który nosi człowiek pod powiekami. Zawdzięcza go człowiek domowi, z którego wyrosła jego dusza, oraz przeszłości, która podsuwała mu obrazy bohaterów. Człowiek buduje dom i wybiera sobie bohaterów. W ten sposób kształtuje siebie” – zwraca uwagę Tischner.
Swoje poglądy polityczne i biografię Tischner przedstawił w opublikowanej w 1995 r. książce „Między panem a plebanem” – tomie rozmów z Adamem Michnikiem, przy współudziale Jacka Żakowskiego. Rok później powstała następna książka na podstawie rozmów z Jackiem Żakowskim – „Tischner czyta Katechizm”.
W 1998 r. ks. prof. Józef Tischner został Krakowianinem Roku. Po przyznaniu tego wyróżnienia napisał do kapituły nagrody: „Mam wobec Krakowa raczej poczucie winy niż jakiejkolwiek zasługi. Zazwyczaj bowiem dowodziłem, że główną zaletą tego królewskiego miasta jest … widok Tatr z Kopca Kościuszki, jakim można się cieszyć, gdy opadną miejskie kurze”.
We wrześniu 1999 r. ks. Tischner otrzymał Order Orła Białego. Był już wtedy poważnie chory. Order odebrał w krakowskim szpitalu. Zmarł 28 czerwca 2000 r. w wieku 69 lat na raka krtani. Został pochowany w Łopusznej k. Nowego Targu.
