4 grudnia 2013 r. „Air Lituanica“ złożyła skargę w sztokholskim arbitrażu (SCC arbitration) przeciwko „Estonian Air”, ponieważ 28 listopada estońska spółka w trybie jednostronnym zerwała umowę o współpracy.
Estończycy nie zapłacili również za przewóz pasażerów, mimo, że taki punkt był zapisany w umowie.
Spółka Air Lituanica należy do stołecznego samorządu.
